6,631,094 daripada 9,564,071 pengundi berdaftar mengundi dalam pilihan raya ini yang melihat BN dikembalikan untuk membentuk kerajaan Malaysia. Walaupun jumlah kerusi parlimennya sebanyak 148 jatuh 8.6% berbanding 162 kerusi yang diperoleh pada tahun 1995, pencapaian BN masih jauh lebih tinggi berbanding 129 kerusi yang diperlukan untuk memperoleh satu majoriti dua pertiga. Selain itu, BN juga memenangi semua pilihan raya negeri, kecuali Kelantan dan Terengganu.

PAS mencapai prestasi yang amat baik. Selain daripada mengekalkan negeri Kelantan, parti ini juga mengambil alih kerajaan Trengganu daripada BN. Kekuatan PAS di Parlimen bertambah dari hanya 7 kerusi pada tahun 1995 sehingga 27 kerusi, iaitu satu lompatan hampir empat kali ganda. Serupa juga pada peringkat negeri, kekuatannya bertambah hampir tiga kali ganda dari 33 kerusi sehingga 98 kerusi dalam pilihan raya ini. Berdasarkan keputusan ini, PAS mengambil alih kepimpinan pembangkang dalam Parlimen yang dipegang oleh Lim Kit Siang daripada parti DAP.

Pilihan Raya Umum Malaysia 1999 tidak begitu baik untuk parti DAP. Walaupun parti ini berjaya untuk mendapat lagi satu kerusi berbanding sembilan kerusi pada tahun 1995, iaitu satu kenaikan 11%, kedua-dua ahli kuatnya, iaitu Lim Kit Siang dan Karpal Singh ditewaskan. Perikatan DAP dengan PAS jelas telah menjejaskan parti ini sehingga mengalami kehilangan sokongan pengundi-pengundi bukan Melayu.

Kemenangan 5 kerusi parlimen dan 4 kerusi negeri merupakan satu permulaan yang baik untuk Parti Keadilan, akan tetapi semua pemimpinnya telah ditewaskan dalam pilihan raya ini, kecuali Dr. Wan Azizah. Ini merupakan satu tanda yang amat buruk untuk parti ini. Jika Parti Keadilan telah bertanding secara berasingan tanpa perikatan dengan PAS dalam BA, keputusannya mungkin akan amat teruk. Walau pun Datuk Seri Anwar Ibrahim memainkan peranan yang ketara sebagai ikon dalam perjuangan parti ini, adalah tidak mungkin bahawa Parti Keadilan akan dapat merupakan parti alternatif untuk undi-undi Melayu.

Pilihan raya 1999 telah menunjukkan bahawa BN tidak boleh beranggapan bahawa partinya akan selalu menang. Sokongan Melayu untuk UMNO tidak terjamin, dan kejayaannya dalam pilihan raya ini adalah disebabkan oleh undi-undi pengundi bukan Melayu serta sokongan yang kuat daripada negeri Sabah dan Sarawak.

Pilihan raya 1999 juga menunjukkan kemunculan PAS sebagai sebuah parti yang boleh mengumpulkan undi-undi Melayu. Bagaimanapun, sedangkan Islam jelas mempunyai daya tarikan yang kuat untuk orang ramai di kawasan tengah Melayu, sokongan PAS untuk sebuah rejim teokratik masih tidak dapat diterima oleh penduduk-penduduk bukan Melayu serta banyak orang Melayu moden. Oleh itu, sehingga PAS mengamalkan pendirian sekular, parti ini tidak boleh berharap untuk menjadi sebuah parti politik negara yang alternatif.

Majoriti BN yang amat dikurangkan serta pencapaian parti-parti pembangkang mungkin disebabkan oleh kesedaran yang lebih tinggi di kalangan pengundi terhadap keterlaluan BN, seperti dalam pelaksanaan projek-projek awam secara besar-besaran dan caranya dalam memperlakukan kes Anwar. Ini menimbulkan soalan adakah keputusan pilihan raya ini merupakan satu pertunjukan bantahan terhadap kerajaan BN, berbanding suatu percubaan untuk menggantikannya dengan alternatif yang lain. Bagaimanapun, kemenangan BN pada tahun 1999 merupakan satu sokongan terhadap keutamaan pengundi untuk sebuah kerajaan yang kukuh, iaitu BN, serta untuk kegigihan Dr Mahathir dalam politik Malaysia, termasuk caranya untuk menangani Krisis Kewangan Asia 1997.